Eine wesentliche Herausforderung stellt die funktionale und inhaltliche Lücke zwischen eRoom und dem Zielsystem dar. Diese ergibt sich aus den Limitierungen des Zielsystems sowie der tatsächlichen Nutzung von eRoom. Ohne genaue Analyse dieser Lücke läuft man Gefahr, während des Projekts häufiger schmerzhaft zu stolpern.

Über die Jahre sammeln sich oft Berge an wertlosen Daten an. In einem Systemwechsel bietet es sich daher immer an, nicht mehr verwendete Daten ggfs. zu archivieren und anschließend zu löschen, um so nur noch aktiv genutzte Daten in das Zielsystem zu übertragen.